一、任職漳州
淳熙十六年（1189），朱子被任命為漳州知州。這年九月十五日，是朱子六十大壽，各地學者友人祝壽朱子的詩詞多達百首。辛棄疾在《壽朱晦翁》詩中，稱贊朱子“歷數唐堯千載下，如公僅有兩三人”。陸游甚至把朱子比作是“人中之龍”。
第二年正月，朱子已蒼老憔悴，赴任前他對鏡寫真，題詞自警：“從容乎禮法之場，沉潛乎仁義之府。”四月，朱子抵達漳州，在察訪民情，查看簿籍的基礎上發布了一系列政令：如發布《勸農文》，要求百姓務農重谷；作《漳州謁先圣文》《漳州曉諭詞訟榜》，勸民息訟；發布《勸諭榜》，整齊風俗；發布《州縣官牒》，強調要懲治官吏腐敗。他還上書朝廷，請求減免茶、龍眼、荔枝等稅，又極力推行重新丈量田畝、合理貧富負擔的正經界。
朱子一貫重視教育，整頓和擴大州學、縣學。朱子認為，要革除積弊，須從教育做起，從轉變民風做起，所以他經常向諸生講授義理之學。其間，朱子刻印了自己校定的《易》《書》《詩》《春秋》“四經”，以及《大學》《論語》《孟子》《中庸》“四書”。這些書籍的刻印，解決了歷史上經傳混淆不清的問題，使學者可直求儒道經書的本義，使得中華儒家文化由“五經”時代過渡到“四書”時代。
紹熙二年（1191）正月，朱子三十八歲的長子朱塾在金華病逝。只任一年漳州知州的朱子，悲痛欲絕，上書請改祠官。朱子卸任返鄉，寓居建陽童游橋亭。之后，朱子在建陽考亭買下他人的陽宅，作了簡單修整，在居室前筑方塘半畝，建天光云影亭。紹熙三年（1192）六月，朱子遷居考亭，后世子孫也因此尊其為考亭始祖。
二、御前侍講
紹熙五年（1194），兩湖瑤民起義，朱子以國家大事為己任，拖著病體上任，任潭州(今長沙)知州兼荊湖南路安撫使。朱子采取安撫辦法平息瑤民起義的同時，清吏治、治獄訟、禁賭博。又重修岳麓書院，以《四書集注》教育諸生，岳麓書院名聲大振，學子云集千余人。
同年七月，趙擴稱帝，是為寧宗，改元慶元。趙汝愚為相，推薦朱子入朝奏事。按照慣例，新君即位時，像朱子這樣官職之人，可薦一子入朝為官。朱子推薦弟子、愛婿黃榦補為將仕郎。
同年八月中秋，朱子接到煥章閣待制兼侍講的任命。十月四日，朱子奉旨上殿奏事，連上五札：首言正心誠意，則大倫正，大本立矣；次言，為學莫先于窮理，窮理必在于讀書，讀書之法，莫貴于循序而致精，致精之本，則又在于居敬而持志；又三言，論荊湖南路善后之事，即財錢入少出多，邊防不固，請修潭州城壁。
十月十四日，朱子首次受詔赴經筵講義，進講《大學》之旨，要寧宗持守格物、致知、誠意、正心、修身、齊家、治國、平天下之道。數日后，又連講六次，寧宗虛心嘉納，褒獎朱子，授其為朝請郎，賜紫金魚袋，不久，朱子又被加封為婺源縣開國男，食邑三百戶。其間，朱子還撰褒揚抗金名將岳飛偉績的《上政府札子》，奏請褒錄。
朱子在御前侍講，引起了以韓侂胄為首的反理學權貴的妒恨，他們不時向寧宗進奏讒言，處心積慮丑化朱子。加之朱子在侍講時，直指寧宗縱容親近、大興土木、不務實行等問題，得罪了寧宗。紹熙五年（1194），寧宗以“朱子迂闊”為由，將在朝僅四十六天的“帝王之師”朱子逐出御前經筵。
朱子被貶，舉朝震動，許多正直之臣紛紛上疏勸諫。寧宗迫于眾怒，改任朱子為寶文閣待制。兩天后，又改任知江陵府兼荊湖北路安撫使。朱子感到無力正君心、清君側，且年近古稀，連上兩札請祠。
三、慶元黨禁
紹熙五年（1194），朱子回到考亭，將讀書、藏書的小樓命名為滄洲精舍（宋理宗時賜“考亭書院”題額）。
慶元元年(1195)秋，寧宗聽信反儒道的朝臣讒言，將儒道視為偽學，視趙汝愚等四十多位賢臣為偽黨，對他們進行殘酷迫害。第二年夏天，國子監上奏請求銷毀理學之書。
時任太常少卿的胡紘，十幾年前到武夷山拜師朱子為師，因朱子清貧守正，得罪此小人。此時卻以捕風捉影、移花接木、顛倒黑白的手法，全盤否定程朱理學。兵部侍郎陳賈和監察御史沈繼祖則聯合上疏，列理學人物十大罪狀。寧宗不分是非，于慶元二年（1196）十二月二十六日，下旨罷免朱子祠職。
“偽學”打擊一波波襲來，慶元三年（1197）正月，朱子弟子蔡元定遭受偽學之殃，被貶到道州。寧宗將偽學之黨上升為逆黨，將朱子列為黨魁。寧宗還下詔，凡舉薦改任的官員、科試士子，都須聲明非偽學之人才能任用、參加科舉。同時，設偽學逆黨之籍，規定入籍之人永不敘用。
在這期間，朱子應門人之邀，前往延平、順昌、泰寧、古田、福州等地，繼續傳播理學，并留下許多詩篇。古田講學船行閩江途中，作《水口行舟二首》，其一曰：“昨夜扁舟雨一蓑，滿江風浪夜如何？今朝試卷孤篷看，依舊青山綠樹多。”朱子將兩岸青山綠樹比喻儒道理學，相信理學正氣一定會戰勝反道學的黑暗勢力，像所乘舟船一樣破浪前進。
朱子回到考亭之后，身患重病，但仍以驚人的毅力完成了《周易參同契》考異和《楚辭后語》六卷、《楚辭辯證》二卷及《楚辭集注》，修訂了《韓文考異》十卷，編訂了《禮書》，考訂了《堯典》《舜典》《大禹謨》。
四、終老考亭
慶元六年（1200）二月，朱子自題“蒼顏已是十年前，把鏡回看一悵然。履薄臨深諒無幾，且將余日付殘編” 。朱子的生命進入了倒計時，但生命不息、“殘編”不止。三月，朱子病情加重，從初二至初九，朱子為弟子講太極圖義、《西銘》，修改《書經集傳稿》。朱子注釋“四書”數十年，至此生命最后三天仍修改《大學誠意章》。三月八日，朱子交代了家事，寫了數封遺書，留下遺訓：“道理只是恁地，但大家倡率做些艱苦工夫，須牢固著腳力，方有進步處。”三月九日午時初刻，朱子闔逝，享年七十一歲。
驚悉朱子逝世，許多人在家中設位哭祭。十一月初，各地學者、門人不顧朝廷禁令，在江西信州匯集，前往送殯。十一月二十日，朱子的靈柩在近千名士人的護送下，安葬在建陽唐石里（今建陽區黃坑鎮）九峰山下大林谷。辛棄疾祭文贊曰：“所不朽者，垂萬世名。孰謂公死，凜凜猶生！”
朱子一生秉承“為天地立心，為生民立命，為往圣繼絕學，為萬世開太平”的理想，尊德性而道問學，留下名揚世界的文化遺產：2000多萬字的文章，其中104卷文集，200多卷撰書，140卷言論問答，以及編次、注釋、校刊書270多卷和1200多首詩詞，還創建、修建了十余所書院，成為今天中華歷史文化的重要組成部分。
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